scGPT学习日记

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scGPT学习日记

August 15, 2025·

Klei kli

记录一下2025-08-15scGPT的安装和使用

1.scGPT新版本安装

参考链接:https://cambridge-ceu.github.io/csd3/Python/scGPT.html 两种方法中的第一种,使用py311和torch2.x兼容第二种方法中的3.9不与2.x兼容。

环境:python 3.11

1.安装torch包

注意这里要按照自己的cuda版本安装对应的torch包,这里我的cuda版本是12.4有两种安装方法

1.连网安装pytorch

pip install torch==2.3.0 torchvision==0.18.0 torchaudio==2.3.0 --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu121

2.本地安装

cd /data/xds/Projects/PWd/SC/Tools/scGPT/packages
# (scgpt_2) ➜  packages git:(main) ✗ ls
# torch-2.3.0+cu121-cp311-cp311-linux_x86_64.whl
# torchaudio-2.3.0+cu121-cp311-cp311-linux_x86_64.whl
# torchvision-0.18.0+cu121-cp311-cp311-linux_x86_64.# whl

pip install ./*

2.安装其它包

pip install packaging
pip install ipykernel
pip install scgpt

3.解决报错

安装flash-attn包的时候报错编译器不合适于是按报错提示安装合适的版本gcc = 12的版本

mamba install gcc_linux-64=12 gxx_linux-64=12  ninja -y  # 安装ninjx加速编译  


查看安装文件路径
conda list | grep gcc                                 
conda list | grep gxx
设置环境变量
export CC=$CONDA_PREFIX/bin/x86_64-conda-linux-gnu-gcc
export CXX=$CONDA_PREFIX/bin/x86_64-conda-linux-gnu-g++

pip install flash-attn==1.0.4

解决后继续安装其它包

pip install scvi-tools==0.20.3 anndata==0.9.2 scanpy==1.9.3
pip install wandb
pip install faiss-cpu
pip uninstall numpy -y
pip install numpy==1.26
pip install gseapy

检查是否包成功安装及其版本

pip list | awk '/scanpy|scib|scvi|scgpt|flash_attn|torch|wandb|numpy/'

# !!! 意外收获
# 先执行这个单细胞的命令后，无缝衔接以上，就可以获得scgpt也集成的统一环境。
# 当我没说有一些小问题。perpty好像依赖有问题，之后再说。
mamba create -n sc python=3.11 -y
mamba activate sc
mamba install scanpy omicverse scvi-tools pertpy scvelo scikit-image -y

2.scGPT的使用

拉拉

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